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Run: ERR4817342
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Run ID: ERR4817342

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:56:20

Number of reads: 853119

Percentage reads mapped: 96.68

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5819 c.580C>T synonymous_variant 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759855 p.Arg17Cys missense_variant 0.1
rpoB 760493 c.687C>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761281 p.Gly492Asp missense_variant 0.12
rpoB 761594 c.1788C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766070 c.2701C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776477 c.2004G>C synonymous_variant 1.0
mmpR5 779170 p.Ala61Thr missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473337 n.1492A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473351 n.1508dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474765 n.1108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170189 p.Glu142Gln missense_variant 0.12
PPE35 2170190 c.423G>A synonymous_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859550 p.Phe290Tyr missense_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475376 c.1370G>T stop_lost&splice_region_variant 0.15
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embC 4242545 p.Glu895* stop_gained 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4269111 c.-275C>T upstream_gene_variant 0.17
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0