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Run: ERR4818232
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Run ID: ERR4818232

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:26:46

Number of reads: 4700612

Percentage reads mapped: 94.67

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73 streptomycin
ethR 4327876 p.Phe110Leu missense_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800889 c.81C>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473201 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474172 n.515C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474173 n.516T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475500 n.1843A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475514 n.1857G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475522 n.1865A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475574 n.1917C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103035 p.Pro3Leu missense_variant 1.0
PPE35 2168303 c.2310G>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642546 p.Gly338Ser missense_variant 1.0
alr 3840263 c.1158C>T synonymous_variant 0.99
embC 4240475 p.Ala205Ser missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
aftB 4267091 c.1746C>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0