Run ID: ERR4818232
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:26:46
Number of reads: 4700612
Percentage reads mapped: 94.67
Strain: lineage4.1.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 | streptomycin |
ethR | 4327876 | p.Phe110Leu | missense_variant | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
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rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rplC | 800889 | c.81C>A | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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