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Run: ERR4818287
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Run ID: ERR4818287

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Date: 01-04-2023 15:28:22

Number of reads: 1074173

Percentage reads mapped: 93.03

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.24
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800638 c.-171T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 1.0
Rv1258c 1407446 c.-106G>C upstream_gene_variant 0.11
embR 1416545 p.Thr268Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473154 n.1309C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474285 n.630_631delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474403 n.746G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170035 p.Val193Ala missense_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449393 p.Leu297Ser missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474376 p.Ala124Thr missense_variant 1.0
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
embC 4240698 p.Ala279Asp missense_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.1
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0