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Run: ERR4818287
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Run ID: ERR4818287

Sample name:

Date: 20-10-2023 08:38:04

Number of reads: 1074173

Percentage reads mapped: 93.03

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800638 c.-171T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 1.0
embR 1416545 p.Thr268Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170035 p.Val193Ala missense_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449393 p.Leu297Ser missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474376 p.Ala124Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0