Run ID: ERR4818401
Sample name:
Date: 17-08-2022 07:07:24
Number of reads: 1443797
Percentage reads mapped: 94.93
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8437 | p.Tyr379Cys | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760142 | c.336C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406216 | c.1124dupG | frameshift_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472498 | n.653C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
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rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
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rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
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rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
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rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
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rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
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rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
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rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476539 | n.2882A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
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embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4267889 | c.948C>A | synonymous_variant | 0.12 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |