Run ID: ERR4818772
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:44:45
Number of reads: 3188342
Percentage reads mapped: 97.84
Strain: lineage4.6
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8266 | p.Ala322Glu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491349 | c.567T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 766586 | p.Glu1073Lys | missense_variant | 0.99 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775822 | p.Val887Met | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303098 | c.168C>A | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472150 | n.305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472549 | n.704G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473318 | n.1473G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2156267 | c.-156A>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ethA | 4328462 | c.-989C>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407554 | p.Arg217Trp | missense_variant | 1.0 |