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Run: ERR4820348
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Run ID: ERR4820348

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:37:56

Number of reads: 1436494

Percentage reads mapped: 89.21

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.98
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473156 n.1311A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246988 p.Ala159Thr missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0