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Run: ERR4821154
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Run ID: ERR4821154

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Date: 01-04-2023 17:05:34

Number of reads: 963277

Percentage reads mapped: 90.56

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.97
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763648 c.279C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777414 p.Ala356Val missense_variant 0.12
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471931 n.86G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471985 n.140T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472484 n.639_640insC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472993 n.1148G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473052 n.1207G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.43
rrl 1473475 n.-183G>C upstream_gene_variant 0.17
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474290 n.633T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474293 n.637_649delCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474497 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474506 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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