TB-Profiler result

Run: ERR4821477
Summary

Run ID: ERR4821477

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:16:42

Number of reads: 2585318

Percentage reads mapped: 89.4

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 766085 p.Pro906Ala missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460992 c.-53A>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472185 n.340C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473052 n.1207G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474895 n.1238C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474904 n.1247G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rpsA 1834647 p.Tyr369Cys missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448501 c.-3G>T upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641629 p.Ala32Val missense_variant 1.0
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0