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Run: ERR4821775
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Run ID: ERR4821775

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:26:52

Number of reads: 2553295

Percentage reads mapped: 95.32

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417270 c.78C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473083 n.1238G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475386 n.1729G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065805 c.387C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethR 4327854 p.Met102Ile missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0