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Run ID: ERR4829336

Sample name:

Date: 01-04-2023 19:25:31

Number of reads: 2667211

Percentage reads mapped: 97.69

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9171 p.Val624Leu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.23
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.99
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472893 n.1048G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473084 n.1239T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473722 n.65G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473734 n.77C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473740 n.83G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473765 n.108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473766 n.109G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473770 n.113T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473792 n.135C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473797 n.140G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476007 n.2350T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154915 c.1197A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640507 c.-36T>C upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.5
embB 4247028 p.Leu172Arg missense_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0