Run ID: ERR4829917
Sample name:
Date: 01-04-2023 19:45:43
Number of reads: 2990583
Percentage reads mapped: 96.46
Strain: lineage4.7
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.7 | Euro-American (mainly T) | T1;T5 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472815 | n.970A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472880 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472969 | n.1124A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472970 | n.1125C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474294 | n.637C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474476 | n.819C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474483 | n.826C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474527 | n.870T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrl | 1474551 | n.894G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1474583 | n.926C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474752 | n.1096delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476401 | n.2744T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2156011 | p.Gly34Glu | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
folC | 2747468 | p.Asp44Gly | missense_variant | 1.0 |
whiB7 | 3568645 | p.Arg12Lys | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4249732 | c.3219C>G | synonymous_variant | 1.0 |
aftB | 4268203 | c.634C>T | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408125 | p.Leu26Phe | missense_variant | 0.98 |