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Run: SRR1169167
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Run ID: SRR1169167

Sample name:

Date: 03-04-2023 02:48:20

Number of reads: 567197

Percentage reads mapped: 73.62

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.99
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472723 n.878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288782 p.Arg154Gly missense_variant 1.0 pyrazinamide
ald 3087278 c.464delG frameshift_variant 1.0 cycloserine
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326279 c.1192_1194dupGTG conservative_inframe_insertion 1.0 ethionamide
ethA 4326604 c.869dupA frameshift_variant 0.93 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762285 p.Arg827Cys missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766190 p.Gly941Cys missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781435 c.-125G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
fabG1 1674183 c.744A>G stop_lost&splice_region_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.22
ribD 2986717 c.-122G>A upstream_gene_variant 0.15
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642146 c.612G>A synonymous_variant 0.15
embC 4239714 c.-149C>T upstream_gene_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407798 c.405G>T synonymous_variant 1.0