Run ID: SRR16156751
Sample name:
Date: 03-04-2023 16:38:48
Number of reads: 11954
Percentage reads mapped: 8.55
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
rpoB | 761132 | c.1326G>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 761133 | p.Leu443Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 761147 | c.1341C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 761150 | c.1344A>C | synonymous_variant | 1.0 |
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