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Run: SRR19304029

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Run ID: SRR19304029

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:20:17

Number of reads: 10115491

Percentage reads mapped: 98.83

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5706 p.Leu156Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.26
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472601 n.756G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.29
Rv3083 3448322 c.-182G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.27
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0