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Run: SRR19304083
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Run ID: SRR19304083

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:23:35

Number of reads: 8207308

Percentage reads mapped: 99.16

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5078 c.-162_-161insG upstream_gene_variant 0.98
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.23
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472609 n.764G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859364 p.Pro352Leu missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.31
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.27
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0