Run ID: SRR21728710
Sample name:
Date: 04-04-2023 03:21:41
Number of reads: 1831924
Percentage reads mapped: 88.02
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1302954 | c.24G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472379 | n.534T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472596 | n.751G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472614 | n.769G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472647 | n.802C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472665 | n.820G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTAGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472695 | n.850C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472825 | n.980G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472826 | n.981G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472836 | n.991G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472838 | n.993A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472845 | n.1000G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472847 | n.1002G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472873 | n.1028C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472875 | n.1030T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472877 | n.1032T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472880 | n.1035_1036insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473248 | n.1403G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473249 | n.1404T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473255 | n.1410A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473260 | n.1415G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473288 | n.1443C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473290 | n.1445C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473291 | n.1446G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474241 | n.584G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474422 | n.765C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474839 | n.1182C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474892 | n.1235G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474903 | n.1246T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474920 | n.1263G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474980 | n.1323G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475633 | n.1976G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475773 | n.2116G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476135 | n.2478T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476141 | n.2484A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1476165 | n.2508T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476179 | n.2522C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476195 | n.2538C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476196 | n.2539C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476204 | n.2547C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476210 | n.2553G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476211 | n.2554G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476212 | n.2555T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476213 | n.2556G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476214 | n.2557G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476215 | n.2558C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476268 | n.2611A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1476275 | n.2618T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1476279 | n.2622G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476572 | n.2915G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154678 | c.1434G>C | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726409 | p.Asp73His | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3074494 | c.-80_-24delCGCTGGGTTTGTTTGGCGGCGAGTCGCTGCGGCGGCTTCGCCGCGCTTGCGATCGCC | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3877731 | c.777G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rpoA | 3878631 | c.-124C>A | upstream_gene_variant | 0.29 |
rpoA | 3878633 | c.-126C>A | upstream_gene_variant | 0.29 |
rpoA | 3878641 | c.-134C>A | upstream_gene_variant | 0.29 |
rpoA | 3878650 | c.-143C>A | upstream_gene_variant | 0.17 |
rpoA | 3878669 | c.-162A>T | upstream_gene_variant | 0.13 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4249408 | c.2895G>A | synonymous_variant | 1.0 |
embB | 4249678 | c.3165C>A | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |