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Run: SRR21728710

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Run ID: SRR21728710

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:21:41

Number of reads: 1831924

Percentage reads mapped: 88.02

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302954 c.24G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472647 n.802C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472826 n.981G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474241 n.584G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474422 n.765C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474980 n.1323G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475633 n.1976G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475773 n.2116G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476213 n.2556G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154678 c.1434G>C synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726409 p.Asp73His missense_variant 1.0
thyA 3074494 c.-80_-24delCGCTGGGTTTGTTTGGCGGCGAGTCGCTGCGGCGGCTTCGCCGCGCTTGCGATCGCC upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3877731 c.777G>A synonymous_variant 1.0
rpoA 3878631 c.-124C>A upstream_gene_variant 0.29
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embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0