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Run: SRR6045056
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Run ID: SRR6045056

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:52:07

Number of reads: 1192252

Percentage reads mapped: 92.74

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476000 n.2343G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476112 n.2455G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476116 n.2459A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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