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Run: SRR6896348
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Run ID: SRR6896348

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:03:10

Number of reads: 217557

Percentage reads mapped: 84.17

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575188 c.-160G>T upstream_gene_variant 0.17
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777778 p.Met235Leu missense_variant 0.15
mmpL5 777780 p.Thr234Met missense_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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