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Run: SRR6982342
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Run ID: SRR6982342

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:34:41

Number of reads: 770102

Percentage reads mapped: 80.37

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491460 c.678C>T synonymous_variant 0.11
fgd1 491523 c.745delT frameshift_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471668 n.-178G>T upstream_gene_variant 0.11
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476664 n.3007T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476665 n.3008T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168220 p.Ala798Val missense_variant 0.1
PPE35 2168813 c.1722_1799delAGCGCTAGGTGCGTTCAATCTGCCGACGCTGAGTATTCCGTCGGTGACGGTTCCGCCGATCACGATTCCGGCTGGCAC disruptive_inframe_deletion 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746415 p.Glu395Val missense_variant 1.0
pepQ 2860085 p.Gly112Cys missense_variant 0.11
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612954 p.Gly55Ser missense_variant 0.11
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 0.95
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244177 c.945G>T synonymous_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168813 c.1721_1799delNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC frameshift_variant 1.0