Run ID: SRR7131108
Sample name:
Date: 04-04-2023 18:45:33
Number of reads: 1624558
Percentage reads mapped: 99.99
Strain: lineage4.4.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.4 | Euro-American | S;T | None | 0.99 |
lineage4.4.1 | Euro-American (S-type) | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7581 | p.Asp94Tyr | missense_variant | 0.81 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 0.97 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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ndh | 2102990 | p.Val18Ala | missense_variant | 1.0 |
katG | 2154642 | c.1470C>T | synonymous_variant | 0.11 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |