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Run: SRR8649119
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Run ID: SRR8649119

Sample name:

Date: 04-04-2023 21:44:08

Number of reads: 2003475

Percentage reads mapped: 88.26

Strain: lineage4.6

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.17
rpoC 766584 p.Gly1072Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305476 c.2547_2565dupCACATACGCCCTGCTTGCG frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472483 n.638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472733 n.888G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472853 n.1008A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473650 n.-8T>C upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474673 n.1016T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474717 n.1060_1061insGCCAG non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474875 n.1218G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474876 n.1219T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475448 n.1791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476393 n.2736C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746910 p.Thr230Ser missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0