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Run: ERR2446580
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Run ID: ERR2446580

Sample name:

Date: 14-08-2022 11:51:49

Number of reads: 3567238

Percentage reads mapped: 99.96

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.98
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4241562 p.Arg567His missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0