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Run: ERR2512660
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Run ID: ERR2512660

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:10:28

Number of reads: 1433596

Percentage reads mapped: 97.21

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576488 p.Val381His missense_variant 0.11
mshA 576750 p.Lys468Thr missense_variant 0.13
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.92
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406946 p.Ala132Gly missense_variant 0.12
Rv1258c 1406948 c.391_392delGC frameshift_variant 0.12
Rv1258c 1407317 c.24G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472041 n.196C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472042 n.197_198insG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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kasA 2519153 p.Ile347Val missense_variant 0.13
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fprA 3475018 p.Ser338Gly missense_variant 0.11
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