TB-Profiler result

Run: ERR2513657
Summary

Run ID: ERR2513657

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:49:18

Number of reads: 1759230

Percentage reads mapped: 94.31

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.3
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304856 c.1926C>T synonymous_variant 0.2
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473671 n.14A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168742 p.Gly624Asp missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.11
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.12
PPE35 2170516 p.Gly33Arg missense_variant 0.97
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289463 c.-222C>T upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ribD 2987532 p.Gly232Arg missense_variant 0.98
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
Rv3083 3448822 p.Ala107Thr missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247360 p.Val283Met missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326148 c.1326G>T synonymous_variant 1.0
ethA 4326439 p.Asn345Lys missense_variant 1.0
whiB6 4338203 p.Arg107Cys missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0