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Run: ERR2513910
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Run ID: ERR2513910

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:59:27

Number of reads: 2791363

Percentage reads mapped: 97.51

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416561 p.Lys263Glu missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473918 n.261C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476034 n.2377_2378insACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476048 n.2391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476049 n.2392C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.22
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474460 p.Val152Ile missense_variant 1.0
fbiA 3641453 p.Arg304Gln missense_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4241465 p.Phe535Ile missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267334 c.1503T>C synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0