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Run: ERR2514409
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Run ID: ERR2514409

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:19:25

Number of reads: 4394104

Percentage reads mapped: 98.91

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8334 p.Met345Val missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777820 c.661C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472284 n.439C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475444 n.1787G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475874 n.2217C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168651 p.Leu654Phe missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860399 p.Arg7Gln missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4240915 p.Met351Ile missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407559 p.Ser215Leu missense_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407961 p.Ile81Thr missense_variant 1.0