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Run: ERR2514801

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Run ID: ERR2514801

Sample name:

Date: 20-10-2023 12:24:10

Number of reads: 2735190

Percentage reads mapped: 92.69

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides R rrs n.1402C>A (0.39), rrs n.1484G>T (0.27)
Amikacin R rrs n.1402C>A (0.39), rrs n.1484G>T (0.27)
Capreomycin R rrs n.1402C>A (0.39), rrs n.1484G>T (0.27)
Kanamycin R rrs n.1402C>A (0.39), rrs n.1484G>T (0.27)
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777136 p.Met449Leu missense_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472812 n.967A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474287 n.631_649delCCTTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475756 n.2099_2107delTAACCCGCAinsG non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475770 n.2113_2114delGAinsATGCGT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476363 n.2706A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476366 n.2709A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476374 n.2717T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
inhA 1674883 p.Ile228Val missense_variant 0.99
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.99
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 0.98
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 0.99
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.99
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 0.99
fbiB 3642173 c.639G>A synonymous_variant 0.99
alr 3841488 c.-68C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878687 c.-180A>C upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0