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Run: ERR4188158
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Run ID: ERR4188158

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:55:59

Number of reads: 11959

Percentage reads mapped: 1.09

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473081 n.1236C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475776 n.2119G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0