Run ID: ERR4188158
Sample name:
Date: 01-04-2023 04:55:59
Number of reads: 11959
Percentage reads mapped: 1.09
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472553 | n.708C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472572 | n.727T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472574 | n.729T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472579 | n.734G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472582 | n.737G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472583 | n.738T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472584 | n.739A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472594 | n.749G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472647 | n.802C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472665 | n.820G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTGGA | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472678 | n.833T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472679 | n.834T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472682 | n.839_843delGGGAT | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472695 | n.850C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472701 | n.856T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472715 | n.870C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472912 | n.1067C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472917 | n.1072G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473054 | n.1209C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473081 | n.1236C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473191 | n.1346C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473206 | n.1361G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475751 | n.2094C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475752 | n.2095C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475753 | n.2096C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475757 | n.2101_2104delACCC | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475764 | n.2107A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475765 | n.2108A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475766 | n.2109G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475769 | n.2112T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475775 | n.2118G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475776 | n.2119G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476229 | n.2572C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476524 | n.2867C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |