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Run: ERR4814776
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Run ID: ERR4814776

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:29:02

Number of reads: 1771760

Percentage reads mapped: 98.78

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473022 n.1177G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473684 n.27G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474662 n.1005C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474688 n.1031G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086987 p.Gln56His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642877 p.Lys448Arg missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0