TB-Profiler result

Run: ERR4814789
Summary

Run ID: ERR4814789

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:29:33

Number of reads: 1749980

Percentage reads mapped: 97.13

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416816 p.Ala178Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2156013 c.99C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 0.98
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640644 p.His34Gln missense_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269805 p.Pro10Gln missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0