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Run: ERR4815080
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Run ID: ERR4815080

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Date: 01-04-2023 13:39:28

Number of reads: 341997

Percentage reads mapped: 85.38

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.2
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.17
rpoB 763152 p.Lys1116* stop_gained 0.22
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.57
fbiC 1303338 c.408C>A synonymous_variant 0.14
embR 1417148 p.Gly67Val missense_variant 0.12
atpE 1461083 c.39T>G synonymous_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.86
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
fabG1 1673846 p.Ile136Arg missense_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918382 p.Val148Gly missense_variant 0.36
katG 2155935 c.177T>C synonymous_variant 0.33
PPE35 2169949 p.Asn222Asp missense_variant 0.13
Rv1979c 2222720 c.445T>C synonymous_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290010 c.-779_-770delTACCTATACC upstream_gene_variant 0.25
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3066994 c.-803A>G upstream_gene_variant 0.18
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449323 p.Arg274* stop_gained 0.25
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642772 p.Asp413Ala missense_variant 0.25
clpC1 4039864 p.Asp281Asn missense_variant 0.33
panD 4043937 c.345C>T synonymous_variant 0.2
embC 4240840 p.Trp326* stop_gained 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embA 4243514 c.282G>A synonymous_variant 0.13
aftB 4269177 c.-341G>A upstream_gene_variant 0.25
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0