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Run: ERR4815994
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Run ID: ERR4815994

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:10:59

Number of reads: 1695868

Percentage reads mapped: 94.0

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.15
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762177 p.Arg791Thr missense_variant 0.13
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.13
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762218 c.2412T>A synonymous_variant 0.11
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.15
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.98
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.38
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rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 0.98
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