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Run: ERR4816649
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Run ID: ERR4816649

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:32:55

Number of reads: 761436

Percentage reads mapped: 95.52

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491507 p.Ala242Val missense_variant 0.13
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.24
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.24
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801083 p.Ala92Val missense_variant 0.11
Rv1258c 1406941 p.Arg134Trp missense_variant 0.12
embR 1416232 p.Cys372Gly missense_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
fabG1 1673560 p.Lys41Gln missense_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103221 c.-179C>T upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167965 p.Ala883Gly missense_variant 0.11
PPE35 2167967 c.2646A>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2170229 c.384A>G synonymous_variant 0.18
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746458 p.Val381Met missense_variant 1.0
pepQ 2860107 c.312G>A synonymous_variant 0.13
ribD 2986972 p.Phe45Ser missense_variant 0.1
ribD 2987258 c.420G>A synonymous_variant 0.13
thyX 3067318 c.628C>A synonymous_variant 0.2
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448889 p.Arg129Gln missense_variant 0.22
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642629 c.1095C>T synonymous_variant 0.18
alr 3840483 p.Gly313Val missense_variant 0.11
clpC1 4038162 p.Arg848Leu missense_variant 0.15
embC 4240631 p.Met257Val missense_variant 0.11
embC 4240648 c.786C>T synonymous_variant 0.13
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246235 c.-279G>A upstream_gene_variant 0.14
aftB 4267950 p.Pro296His missense_variant 0.18
aftB 4268114 c.723G>A synonymous_variant 0.12
whiB6 4338263 p.Ala87Ser missense_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0