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Run: ERR4816760
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Run ID: ERR4816760

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:37:07

Number of reads: 2755929

Percentage reads mapped: 94.15

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.95
mshA 575480 p.Arg45Gly missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 0.98
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 0.98
rpoB 761639 c.1833G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761645 c.1839C>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761648 c.1842T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761657 c.1851C>G synonymous_variant 0.15
rpoB 761675 c.1869G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764252 c.883C>A synonymous_variant 0.97
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766607 p.Ile1080Leu missense_variant 0.16
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mmpL5 778507 c.-27C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303672 p.Ala248Thr missense_variant 1.0
fbiC 1304853 c.1923C>T synonymous_variant 0.25
fbiC 1304856 c.1926C>G synonymous_variant 0.25
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