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Run: ERR4816988
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Run ID: ERR4816988

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:44:44

Number of reads: 1372984

Percentage reads mapped: 96.72

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474183 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289887 c.-649_-647delCCG upstream_gene_variant 1.0
eis 2714564 p.Ile257Val missense_variant 1.0
eis 2715051 c.282C>A synonymous_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4240648 c.786C>T synonymous_variant 0.23
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0