TB-Profiler result

Run: ERR4817840
Summary

Run ID: ERR4817840

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:13:20

Number of reads: 3669606

Percentage reads mapped: 97.22

Strain: lineage3.1.2.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
lineage3.1.2.2 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9611 c.2310C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473022 n.1177G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473950 n.293G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474662 n.1005C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474688 n.1031G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474710 n.1053T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474711 n.1054_1055insAA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474944 n.1287G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474965 n.1308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475026 n.1369G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475526 n.1869C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rpsA 1833685 c.144G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1833694 c.153G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1833697 c.156C>G synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.99
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087476 c.657C>T synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.99
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326176 p.Glu433Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0