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Run: ERR4817948
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Run ID: ERR4817948

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Date: 01-04-2023 15:16:59

Number of reads: 1870134

Percentage reads mapped: 92.97

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473696 n.39T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473697 n.40C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473698 n.42dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474182 n.525C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474798 n.1141C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475757 n.2100_2101insG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475768 n.2111G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476603 n.2946G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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