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Run: ERR4818530
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Run ID: ERR4818530

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:36:44

Number of reads: 1717609

Percentage reads mapped: 95.48

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8933 c.1632G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
Rv1258c 1407228 c.103_112delTTGCAGCGCG frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472944 n.1099G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
inhA 1674210 c.9A>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726153 c.-40G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0