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Run: ERR4818538
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Run ID: ERR4818538

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:37:02

Number of reads: 1937202

Percentage reads mapped: 92.45

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766582 c.3213C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473122 n.1281delA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473122 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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