TB-Profiler result

Run: ERR4818565
Summary

Run ID: ERR4818565

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:38:05

Number of reads: 3382137

Percentage reads mapped: 92.85

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775598 c.2883C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304842 p.Ile638Val missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473338 n.1493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474232 n.575C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476318 n.2661T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268254 c.583C>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0