TB-Profiler result

Run: ERR4818694
Summary

Run ID: ERR4818694

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:42:02

Number of reads: 1764204

Percentage reads mapped: 97.13

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: RR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761139 p.His445Tyr missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472690 n.845C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472734 n.889C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472735 n.890C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472740 n.895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472741 n.896G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472778 n.933C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rpsA 1833646 c.105T>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.97
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407620 p.Tyr195His missense_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0