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Run: ERR4819166
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Run ID: ERR4819166

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:57:25

Number of reads: 8787928

Percentage reads mapped: 93.04

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472682 n.837T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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