Run ID: ERR4819211
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:59:02
Number of reads: 2684722
Percentage reads mapped: 97.22
Strain: lineage4.7
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.7 | Euro-American (mainly T) | T1;T5 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 6415 | c.-887G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472597 | n.752G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
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rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472681 | n.837_838delTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472825 | n.980G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473003 | n.1158G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473017 | n.1172A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473026 | n.1181T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
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rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473288 | n.1443C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474294 | n.637C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476227 | n.2570C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
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rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
alr | 3840618 | p.Asp268Gly | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4249732 | c.3219C>G | synonymous_variant | 1.0 |
ubiA | 4269933 | c.-100C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |