Run ID: ERR4819549
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:10:23
Number of reads: 2598642
Percentage reads mapped: 98.99
Strain: lineage3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472004 | n.160dupT | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
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rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473148 | n.1303G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473163 | n.1318C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473262 | n.1417T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474448 | n.791T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474467 | n.810A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474488 | n.831G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1474495 | n.838G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1474498 | n.841G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrl | 1474516 | n.859C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1474527 | n.870T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474542 | n.885A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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rrl | 1474878 | n.1221C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrl | 1476539 | n.2882A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726105 | c.-88G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
alr | 3841473 | c.-53G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242075 | p.Arg738Gln | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ethA | 4327139 | p.Ala112Gly | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407995 | p.Ser70Arg | missense_variant | 1.0 |