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Run: ERR4819720

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Run ID: ERR4819720

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:16:23

Number of reads: 4664176

Percentage reads mapped: 96.38

Strain: lineage3.1.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
lineage3.1.2.1 East-African-Indian CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.12
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1473414 n.-244G>C upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.1
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.99
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0