Run ID: ERR4819899
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:22:09
Number of reads: 1694941
Percentage reads mapped: 99.54
Strain: lineage3.1.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
lineage3.1 | East-African-Indian | Non-CAS1-Delhi | RD750 | 1.0 |
lineage3.1.2 | East-African-Indian | CAS;CAS2 | RD750 | 1.0 |
lineage3.1.2.1 | East-African-Indian | CAS2 | RD750 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472674 | n.829T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472675 | n.830T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472677 | n.832C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472692 | n.847T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168604 | p.Pro670Leu | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289047 | c.195C>T | synonymous_variant | 1.0 |
pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726105 | c.-88G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726338 | p.Val49Gly | missense_variant | 0.17 |
thyA | 3074645 | c.-174T>G | upstream_gene_variant | 0.24 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242075 | p.Arg738Gln | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4245770 | c.-744C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |