Run ID: ERR4820122
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:29:54
Number of reads: 630945
Percentage reads mapped: 81.82
Strain: lineage4.3.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3.1 | Euro-American (LAM) | LAM9 | None | 0.99 |
lineage4.3.1.1 | Euro-American (LAM) | LAM9 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 490751 | c.-32T>G | upstream_gene_variant | 0.27 |
mshA | 576488 | p.Val381His | missense_variant | 0.18 |
mshA | 576723 | p.Val459Gly | missense_variant | 0.5 |
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.33 |
rpoB | 759629 | c.-178T>A | upstream_gene_variant | 0.17 |
rpoB | 762299 | c.2495delA | frameshift_variant | 0.1 |
rpoC | 763714 | c.345G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763717 | c.348T>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763729 | c.360G>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 763732 | c.363C>G | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764644 | c.1275G>T | synonymous_variant | 0.13 |
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rpoC | 764664 | p.Val432Gly | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 764671 | c.1302G>C | synonymous_variant | 0.11 |
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rpoC | 764703 | p.Lys445Ser | missense_variant | 0.1 |
rpoC | 764706 | p.Leu446Gln | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 778669 | c.-189G>A | upstream_gene_variant | 0.17 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303894 | p.Arg322Trp | missense_variant | 0.12 |
fbiC | 1304517 | c.1587C>T | synonymous_variant | 0.22 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471660 | n.-186G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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PPE35 | 2167967 | c.2646A>C | synonymous_variant | 0.13 |
PPE35 | 2168274 | p.Thr780Met | missense_variant | 0.18 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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thyX | 3067374 | p.Ala191Asp | missense_variant | 0.18 |
thyX | 3067966 | c.-21G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
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fbiB | 3642161 | c.627G>A | synonymous_variant | 0.18 |
fbiB | 3642881 | c.1347A>G | stop_lost&splice_region_variant | 0.2 |
clpC1 | 4038254 | c.2451G>A | synonymous_variant | 0.1 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4040241 | p.Thr155Ile | missense_variant | 0.11 |
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embC | 4240648 | c.786C>T | synonymous_variant | 0.26 |
embC | 4241376 | p.Ala505Val | missense_variant | 0.12 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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gid | 4407603 | c.600G>A | synonymous_variant | 0.11 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |