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Run: ERR4820188
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Run ID: ERR4820188

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:32:29

Number of reads: 4405606

Percentage reads mapped: 93.35

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474895 n.1238C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475755 n.2099_2102delTAAC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475761 n.2104C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475766 n.2109_2110insCTTTTTGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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