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Run: ERR4820787
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Run ID: ERR4820787

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:52:46

Number of reads: 2038813

Percentage reads mapped: 91.87

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 759904 p.Val33Ala missense_variant 0.11
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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