TB-Profiler result

Run: ERR4820820
Summary

Run ID: ERR4820820

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:53:59

Number of reads: 1808813

Percentage reads mapped: 93.23

Strain: lineage1.2.1.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.1 Indo-Oceanic EAI2 RD239 1.0
lineage1.2.1.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9260 c.1959G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.15
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.26
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.26
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.26
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.32
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775746 p.Met912Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775998 p.Gly828Val missense_variant 0.11
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776702 c.1779C>T synonymous_variant 0.11
mmpR5 779366 p.Gly126Asp missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471651 n.-195G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472052 n.207A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472584 n.739A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.19
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474373 n.717dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476140 n.2483T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476183 n.2526A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476187 n.2530T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2519035 c.921C>T synonymous_variant 1.0
eis 2714474 p.Thr287Ala missense_variant 1.0
eis 2714669 p.Gly222Arg missense_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074499 c.-29_-28insC upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339417 c.300A>G synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
Rv3083 3448835 p.Ser111Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
Rv3236c 3612099 p.Ile340Val missense_variant 1.0
fbiB 3640557 c.-978T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878570 c.-63G>A upstream_gene_variant 0.4
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244420 c.1188G>C synonymous_variant 0.98
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267940 c.897T>C synonymous_variant 0.11
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethR 4327360 c.-189C>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338361 p.Arg54Gln missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0